Hacia 1907, los Hermanos comenzaron las diligencias para venir a Colón. Por intermedio del Cor. Goethals, el 10 de septiembre de 1908, se firman los contratos con la Compañía del Ferrocarril para seis lotes en la manzana No. 4 de Fox River. A finales del mes se comenzó la construcción del Colegio. En mayo de 1909 se inaugura con el nombre “Cristobal College”. En 1915 pasa a llamarse “Saint Josephs College”. En 1921 se consiguió un nuevo terreno. En 1924 se vendieron los locales del Colegio al gobernador de Colón. En 1925 se consiguen los lotes pedidos en C/9-10 Meléndez y el 19 de Julio se puso la primera piedra.
El 19 de febrero de 1926 se mudan las instalaciones del colegio a la nueva construcción. El 26 de septiembre de 1928, se comienza la construcción del cobertizo de C/9 Meléndez En noviembre 6 de 1944, se construyó el ala derecha, sobre Ave. Meléndez. El 15 de mayo de 1945 se colocó la estatua de S. Juan Bautista de la Salle en la Catedral. El 16 de noviembre de 1951 se bendijo la estatua del Santo Fundador en la Ave. Central. El 11 de marzo de 1957, se inicia los trabajos de construcción del pabellón en C/10 Meléndez para la Primaria. El 10 de abril de 1972 se abre mixto el II ciclo: Varones-Señoritas. Desde 1977 se inicia los contactos para el traslado del Colegio a posibles locales en las áreas revertidas sobre todo en el sector de France Field.
En septiembre de 1993 se inicia el desalojo de las casas (que fueron compradas en 1954) donde se piensa construir el Gimnasio, que se inaugurará el 7 de diciembre con la Misa de Graduación de los Bachilleres. Tras muchas diligencias entre los años 1990-1995, el día 24 de mayo, la ARI (autoridad de la región interoceánica) comunica a los Hermanos que les alquilará la Escuela Elemental de Margarita que revertirá días después.
El 5 de julio de 1995 se hace la entrega oficial de los militares norteamericanos al Gobierno panameño, y en la misma ceremonia, del Gobierno Nacional a los Hermanos de las Escuelas Cristianas. El día 31 de julio de 1995, finalizadas las vacaciones de medio año, y primer día del III Bimestre, se inauguró La Salle en Margarita con 624 alumnos de la Primaria. De inmediato se inicia las negociaciones para la construcción de la Secundaria, sabiendo que las instalaciones de Colón las ocuparán, a partir de marzo, los antiguos colegios Paulino San José y la Asunción, bajo la dirección de los Hermanos de La Salle